Tra i principali filologi e critici letterari italiani, Monaci nacque a Soriano nel Cimino (VT) da Anacleto Monaci, romano, e da Rosa Pannunzi, nativa del luogo. Seguendo il padre governatore nei suoi vari trasferimenti, fu in vari paesi delle Marche e dell’Emilia-Romagna, tra cui Castel S. Pietro Bolognese, dove studiò grammatica e retorica. Di qui si allontanò nel luglio 1859 per Piperno(attuale Priverno). Ma Anacleto Monaci, pur continuando i suoi spostamenti (Alatri, Frascati), volle stabilire la famiglia a Roma, dove Ernesto poté compiere i suoi studi.
Studiò filosofia presso i gesuiti del Collegio Romano, quinnel 1861 s’iscrisse alla facoltà giuridica della Regia Università Roma e nel 1865 si laureò a in giurisprudenza. Esercitò l’avvocatura per tre anni, ma poi abbandonò tale attività per dedicarsi agli stuletterari, e segnatamente alla filologia romanza, disciplina che era allora agli albori.
Nel 1873, per interessamento Adolfo Mussafia, venne invitato ad insegnare in Austria presso la facoltà filologica Graz, ma Monaci preferì assumere nel 1874 la cattedra “Storia comparata delle lingue e letterature neolatine” presso l’Università Roma, che tenne fino al 1915. Fondò nello stesso periodo anche il periodico “Rivista filologia romanza” (che più tarmutò il nome in “Sturomanzj”). Si occupò principalmente delle origini del teatro italiano, dell’antica poesia trobadorica, e delle origini della nostra letteratura. Alla sua attività didattica sono peraltro legate molte pubblicazioni. Già corrispondente nazionale, il 12 novembre 1883 divenne Socio nazionale della prestigiosa Accademia dei Lincei. Nel 1880, su sua iniziativa, il ministro della Pubblica Istruzione Guido Baccelli fondò a Roma l’Istituto Storico Italiano.Nel biennio 1885-1886 fu rettore dell’Università La Sapienza. Monaci fu anche il fondatore nel 1901 della Società Filologica Romana. Il prezioso archivio dello studioso è conservato presso la Biblioteca “Angelo Monteverdi” Roma.